Đầu năm 2009, Vĩnh Hoàn là công ty Việt Nam đầu tiên đạt được chứng chỉ AquaGAP cho một trong những vùng nuôi của công ty. Tiếp theo đó, những tiêu chuẩn của AquaGap được áp dụng rộng rãi cho các vùng nuôi còn lại. Đến tháng 1-2010, chức IMO – Thụy Sĩ đã cấp thêm chứng chỉ AquaGAP cho 3 vùng nuôi: Mỹ Xương, Tân Thạnh, Tân Hòa

          Những sản phẩm đạt tiêu chuẩn AquaGAP thì được khách hàng ưa chuộng và tiêu dùng mạnh tại các nước Châu Âu từ quí 1-2009. Với 3 vùng nuôi đạt chứng chỉ AquaGAP, Vĩnh Hoàn mong rằng công ty có thể tăng sản lượng để đáp ứng nhu cầu của thị trường. 

Ngoài ra, Vĩnh Hoàn đặt mục tiêu lấy chứng chỉ GLOBALG.A.P giữa năm 2010.